CRISPR 기반 유전자 복제 오류 정량화를 위한 고해상도 염기서열 분석 프로토콜

본 문서는 CRISPR 유전자 편집 과정에서 발생하는 예상치 못한 DNA 복제 오류 및 삽입/결실(Indel) 현상을 정밀하게 측정하기 위한 실험적 접근법을 다룹니다.

측정 기술 및 분석

• 디지털 PCR (dPCR) 기반 Indel 검출: 편집 효율과 동시에 발생하는 다양한 규모의 돌연변이 빈도를 높은 민감도로 정량화하며, 이는 기존 Sanger 시퀀싱의 한계를 극복합니다.
• Deep Sequencing 데이터 처리: 편집 대상 부위 주변의 염기서열을 대량으로 읽어낸 후, 특화된 생물정보학 파이프라인을 통해 SNP 및 Indel의 상대적 빈도를 계산합니다.

이러한 접근법은 유전자 편집의 안전성과 정확성을 평가하는 데 필수적이며, 특히 오프타겟 효과를 포함한 모든 형태의 게놈 불안정성을 체계적으로 모니터링할 수 있게 합니다. CRISPR Cas9 시스템, 차세대 염기서열 분석, 유전자 편집